Az 1945 utáni időszakban olyannyira megemelkedett a tanulók száma Szentgotthárdon és a környéken, hogy szükség volt egy új általános iskola alapítására. Hosszú évtizedekig a város különböző pontjain, több épületben folyt a tanítás, hiszen nem volt elegendő szintér az alapfokú oktatás számára egyetlen rendelkezésre álló épületben sem.
Iskolánk épületét 1961-ben adták át, amelyben központi fűtés, 8 tanterem, fizikai előadó, valamint kosár,- és kézilabdapálya is biztosítottá vált az itt tanuló gyermekek számára. 1976-ban bővítették az épületet egy új szárnnyal, nyolc tanteremmel, két szertárral, egy irodahelyiséggel és az önálló könyvtárral. A tanítás azonban még ebben az időszakban sem egy épületben történt. Miután a Petőfi utcai létesítményből időközben szakmunkásképző iskola lett, létfontosságúvá vált az Arany János utcai objektum kibővítése egy emelettel 1997-ben, amelyben az eltérő tantervű tagozat is állandó helyet kapott.
Az iskola történetében több fontos esemény történt, amely meghatározza azóta is működését és alapelveit. Első ízben 1988-ban felvette az oktatási intézmény a híres magyar költő, Arany János nevét, az 1997-es tanévtől pedig egy épületben folyik az azóta is színvonalas nevelő-oktató munka.
2008. szeptemberétől szerkezeti változás lépett fel a város oktatási rendszerében, a Széchenyi István Általános Iskolában kizárólag a felső tagozatos diákok oktatása folyt, míg az Arany János Általános Iskolában az alsós tanulók végezték tanulmányaikat. 2021. szeptemberétől újra 8 osztályos iskolaként működünk, nevünk Szentgotthárdi Arany János Általános Iskolára változott.